Au premier plan, un lion gardien, à l'arrière un garuda sur le naga à l'entrée du Bayon

Comme temple d’État, il était au centre d'Angkor Thom, la capitale du royaume. C'est un temple "œcuménique " qui associe l'hindouisme (les dieux Shiva et Vishnu y sont largement présents) et le bouddhisme car le Roi était lui-même bouddhiste du grand véhicule : Mahâyâna. Le Roi et la famille royale étaient représentés dans le Bayon sous forme de bouddhas dans les chapelles entourant la grande tour centrale.

Selon Hy Sanh (éditions Milan, Toulouse, 2002) le mot Bayon viendrait de "Ba" sacré et de "Yantra" diagramme ou représentation magique de l'univers. Le Yantra est l'équivalent du mandala bouddhiste, ce qui est compréhensible tant l'architecture khmère est une "architecture-image" traduisant les conceptions de l'univers de l'époque (selon Thierry Zéphir dans L'Empire des rois Khmers, coll. « Découvertes Gallimard » nº 310, 1997). Le temple-montagne est en effet la représentation symbolique du mont Meru, la montagne cosmique de la mythologie hindoue

Hy Sanh indique aussi que "Bayon est la simplification populaire du mot sanscrit "Bejàyont" : palais du Dieu Indra. Cette dernière interprétation est plus étonnante car le Bayon est identifié comme un temple bouddhiste. Mais à ce sujet, la réalité est plus complexe. T. Zéphyr cite une interprétation de J. Boisselier selon laquelle le Bayon serait une "allusion à la Salle du Bon Ordre, Sudhammasabhâ, dans la cosmologie bouddhique". Dans cette hypothèse, "les visages seraient ceux des Brahmâ Sanakumarâ qui transmettent l'enseignement du Bouddha à toutes les divinités bouddhiques mais aussi hindoues périodiquement réunies dans cette salle". Angkor Thom serait la réplique sur terre de la ville d'Indra, le roi des dieux, au centre de laquelle cette salle (le Bayon) a été édifiée.

Cette interprétation savante, peu évoquée dans et par les guides locaux, est à rapprocher de la remarque (figurant dans l'ouvrage "Bouddhisme, dirigé par Kevin Trainor, Evergreen, Taschen, Köln, 2007"), selon laquelle le culte des dieux fut pleinement intégré dans la pratique du Bouddhisme. Les Ecritures du Theravada décrivent de nombreux moments de la vie du Bouddha où interviennent nombre de "devas" faisant partie de la hiérarchie d'être suprahumains acceptés à l'époque mais qui restent néanmoins inférieurs au Bouddha.

Chaque tour est ornée de quatre grands visages orientés vers les quatre points cardinaux. Ces visages pourraient donc représenter le Bodhisattva Avalokiteshvara ou bien Brahma (Phrom en cambodgien) selon l'interprétation retenue.

Le Bayon est composé de trois étages. Il est entouré de deux enceintes à galeries qui se trouvent sur trois niveaux, en raison des modifications subies par le temple au cours du temps. De nombreuses tours à visages de hauteurs différentes dominent un enchevêtrement de passages, chapelles, pavillons d'angle et galeries.